Despues de la muerte de Spock - Star Trek II La ira de Khan el doctor Leonard McCoy - DeForest Kelley comienza a sufrir trastornos mentales y sueños relacionados con Spock. El almirante James Kirk desobedeciendo la orden de que ninguna nave se acerque al planeta Genesis creado por la explosion del dispositivo Genesis y ahora calificado como una “controversia intergalactica” roba al Enterprise tras su retirada del servicio debido a los graves daños causados por la ultima batalla que libro. Secundado y acompañado por sus oficiales se dirige al mencionado planeta donde tras un enfrentamiento con los klingon que deja la nave completamente inutilizada y ante la muerte de su hijo David Marcus a manos de estos no tiene otro remedio mas que destruir al Enterprise en un intento desesperado de obtener ventaja ante sus adversarios. Despues de escapar de su condenada nave Kirk y sus leales amigos van al encuentro con un Spock joven pero sin memoria y encontrandose con que el planeta es ahora inestable envejeciendo a pasos agigantados estando Spock ligado al mismo proceso. Tras una batalla entre Kirk y el Comandante Kruge - Christopher Lloyd donde el primero sale victorioso escapa del planeta en destruccion y se traslada a Vulcano en la nave klingon llevando a Spock. Alli despues de una ceremonia altamente peligrosa y compleja - el ritual Katra se le reincorpora la memoria a Spock que permanecia en la mente de McCoy. Ahora reunidos todos permanecerian en Vulcano para prepararse para responder por sus actos de vuelta en la Tierra. La accion se situa hacia el 2285.