Los mutantes son seres humanos con alguna variacion genetica que les dota de caracteristicas especiales. Tambien son la mas moderna minoria perseguida del mundo. En medio de un clima de rabia y persecucion el profesor Xavier ha creado un instituto un refugio para estos seres poderosos. En este lugar los iniciados son preparados para aceptar y dominar sus habilidades y ponerlas al servicio de la tolerancia y el combate contra la creciente histeria colectiva que esta amenazando con su existencia. Pero la reputacion de los mutantes sera todavia peor cuando uno de ellos lanza un devastador ataque lo que conlleva causas una publica recriminacion hacia todos ellos y nuevos poderes para la Mutant Registration Act y William Stryker un lider militar que pretende acabar con todos ellos centrandose en la escuela de X-Men.